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종합부동산세 개편…기본공제 12억→13억 상향 검토

서정민 기자
2026-07-27 07:19:58
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종합부동산세 세액공제 상향 검토. 사진=연합뉴스


정부가 종합부동산세 과세 체계를 '보유 주택 수' 중심에서 '주택 가액 합산 규모' 중심으로 전면 개편하는 방안을 추진한다.

다주택자라는 이유만으로 높은 세율을 매기던 현행 중과 체계는 완화하고, 대신 초고가 주택이나 비거주 목적 보유 주택에는 세 부담을 높이는 방식이다.

이에 따라 공시가격 30억~40억원 이상 초고가 1주택자의 세 부담이 커질 가능성이 제기된다.

26일 관계 부처에 따르면 구윤철 부총리 겸 재정경제부 장관은 지난 24일 이재명 대통령에게 이 같은 내용을 포함한 2026년 세제 개편 방향을 보고했다.

정부는 27일 한성숙 국무총리 주재 부동산 대토론회를 마지막으로 연 뒤 다음 달 초 세법 개정안을 확정해 발표할 예정이다.

이번 개편의 배경에는 역진성 문제가 있다. 국세청 통계에 따르면 과세표준 20억원 초과 주택에 적용한 2025년 귀속 개인 종부세 세액공제액 합계는 461억원으로, 전년(182억원) 대비 153.2% 급증했다.

2021년 이후 4년 만에 최대 규모다. 특히 전체 세액공제액의 87.9%가 서울 주택에 집중돼, 강남권 초고가 아파트 보유 고령자나 장기 보유자가 혜택을 독식한 것으로 나타났다.

반면 과세표준 30억~50억원 구간에서 3주택 이상 보유자의 1인당 종부세 부담은 6666만원으로, 1주택자(2472만원)보다 4000만원 이상 많았다. 같은 가격대라도 주택 수에 따라 세 부담이 크게 벌어지면서 '똘똘한 한 채' 선호 현상을 부추겼다는 지적이다.

정부는 종부세 체계를 기본공제 이하 비과세 구간, 일반 과세 구간, 초고가 구간의 '3그룹 설계'로 나눠 차등 적용하는 방안에 무게를 두고 있다. 초고가 주택 기준은 공시가격 30억~40억원 수준(시가 기준 약 40억~50억원대)이 거론된다. 일반 주택 보유자의 부담은 유지하거나 완만하게 조정하되, 초고가 주택에는 과세표준 세분화나 공정시장가액비율 인상을 통해 부담을 끌어올리는 방식이 검토된다.

현재 공정시장가액비율은 60%인데, 이를 70~80%로 올리되 초고가 주택일수록 인상 속도를 빠르게 적용하는 방안이 거론된다. 

동시에 1세대 1주택자 기본공제선(현행 12억원)은 최근 집값 상승을 반영해 13억~14억원 수준으로 소폭 상향하는 방안도 검토된다.

공제선이 오르면 종부세 대상에서 빠지는 주택이 늘어나 중간 가격대 실거주자의 부담은 오히려 줄어들 수 있다.

장기보유·고령자 세액공제 제도도 손질 대상이다. 현재는 거주 여부와 무관하게 보유 기간(최대 50%)과 연령(최대 40%)에 따라 최대 80%까지 감면받을 수 있다.

정부는 실거주 주택, 지방 주택, 서민·중산층 주택에는 혜택을 유지하거나 확대하되, 비거주 초고가 주택이나 투자 목적 보유 주택은 공제를 제한하는 방향을 검토하고 있다.

다만 직장 이동, 해외 근무, 자녀 교육, 부모 부양 등 불가피한 사유로 거주하지 못하는 경우는 예외를 인정할 방침이다.

양도소득세 장기보유특별공제도 개편 대상에 올랐다. 임광현 국세청장이 공개한 2024년 신고자료에 따르면 1세대 1주택 2만4816채가 받은 장특공제는 총 5조320억원이었고, 이 중 서울 주택 공제액이 90%(4조5298억원)를 차지했다.

임 청장은 "강남구 주택 1채를 양도하고 200억원이 넘는 금액을 공제받은 경우도 있다"며 현행 제도를 "역진성의 끝판왕"이라고 비판했다. 정부는 보유기간보다 거주기간 비중을 높이고, 공제액에 상한을 두거나 일정 금액을 넘는 양도차익의 공제율을 낮추는 방안을 검토 중이다.

이재명 대통령은 최근 국무회의 등에서 "통상적인 1주택과 서민·중산층용 주택에는 세 부담을 감해줄 수 있지만, 호화주택이나 명백한 투기용에는 가중 요소를 더해 차등을 둬야 한다"는 방향을 제시한 바 있다.

한편 이번 세제개편안에는 종부세 외에도 국내생산촉진세제 도입, 조세지출 구조조정, 가업상속공제 개편, 가상자산 과세 유예 여부 등 굵직한 과제가 함께 담길 전망이다.

서정민 기자
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